Найти Комендантский дом можно между Нарышкиным бастионом и Петропавловским собором. Первое такое здание было построено в 1704 году, это был совсем простенький деревянный дом, выполнявший функцию исключительно жилища. Однако в 1740-е годы действующий комендант крепости Степан Игнатьев добился строительства нового каменного здания, архитектурный проект которого напоминал Гостиный двор. Тогда же появился и дополнительный служебный флигель, тоже каменный.

Дом Игнатьева послужил основой, но в будущем неоднократно перестраивался. Наконец, в конце позапрошлого века здание приобрело свой нынешний вид. Кроме покоев коменданта, здесь есть еще домовая церковь, несколько служебных помещений и парадных залов, в одном из которых был оглашен приговор восставшим декабристам.

В дни Октябрьской революции в доме коменданта располагался штаб Военно-революционного комитета.