Стиль для постройки был выбран готический с высокими узкими окнами с витражами. Внутри была русская изразцовая печь и дубовый пол.

Церковь принадлежала Инвалидному дому, где находили приют и лечились ветераны Балтийского флота. Император Павел I много покровительствовал этой церкви. Он огранизовал при ней мальтийское кладбище и церковь стала орденской. Здесь кавалеры мальтийского ордена принимали присягу.

Также церковь известна тем, что Александр и Наталья Пушкины крестили здесь своих детей.

При смене власти храм был закрыт и разграблен, позже использовался как спортивный зал.

В 1990 году святыня вернулась верующим и была отреставрирована. Сегодня здесь хранится частица мощей Иоанна Предтечи.