На этом месте раньше была деревянная церковь. Стояла она тут в XVI веке, а чуть позже — в 1588 — заложили каменный храм. Интересна история возникновения слова «ендов» в имени храма. Расположение его было возле переправы через Москва-реку к Ордынке и Серпуховским воротам. А «ендовы» или «яндовы» — это дренажные рвы, которые заполняла в паводок вода.

В Смутное время храму досталось, но чуть позже его восстановили. Нынешнее здание относится к 1653 году, возможно, построено оно на остатках старых стен. Главный престол посвящен Рождеству Богородицы, нижний и северный приделы — Георгиевский и Никольский.

В 1680 году часть здания перестроили. Возвели новую колокольню, трапезная стала больше. Так продолжалось до паводка 1729 года, который размыл грунт и способствовал разрушению фундамента — пришлось снова перестраивать здание. Паводок 1786 года разрушил шатровую колокольню. В 1812 году — храм пал жертвой огня: тот сильно повредил его.

В Первую мировую войну здесь разместили лазарет, в во времена СССР церковь закрыли до 1935 года — после чего в здании размещались самые разные организации. В 1960 году к трапезной вернулся облик XVII века. А уже в 1993 году здесь провели первую службу.