В 1865 году зодчий Герман фон Ниссен перестроил для проведения служб реформатской церкви жилой дом конца XVIII века. Объединению евангельских христиан здание передала советская власть в 1917 году. В 1982 году эта церковь отметила столетие своей деятельности в Москве.

Орган церкви является уникальным по красоте и звучанию инструментом. Он был создан в 1898 году знаменитым немецким мастером Эрнстом Ревером. Его творения находились в известных храмах мира. Уникальный инструмент в Трёхсвятительском переулке — единственное произведение Ревера за пределами Германии. Строительство продолжалось два года. Община собрала для этих целей 8000 рублей (по меркам 1898 года).

Орган оснащён 38 регистрами — пятое место среди органов Москвы. Инструмент никогда не перестраивался, сохранив свой первозданный вид с момента установки.

В 1990 году он взят на учёт как исторический и культурный памятник.